La sélection des souches de champignons shiitake est cruciale pour la production de champignons shiitake.

Il existe de nombreuses variétés de shiitakes. Selon leur température de fructification, on les divise en trois grandes catégories : haute température, température moyenne et basse température. Les shiitakes de haute température atteignent leur température de cœur d'environ 20 °C, ceux de température moyenne d'environ 15 °C et ceux de basse température d'environ 10 °C. On distingue également les shiitakes à chapeau épais et ceux à chapeau fin, selon la forme de leur carpophore. De même, on les classe par taille de chapeau : à grandes feuilles (11 à 15 cm de diamètre), à ​​feuilles moyennes (5 à 10 cm) et à petites feuilles (moins de 5 cm). Enfin, selon leur support de culture, on trouve les shiitakes adaptés aux bûches, à la sciure de bois et à la paille. La qualité de la variété de shiitake influence fortement le rendement et la qualité des champignons. Différentes variétés cultivées dans une même région sur un même substrat présentent des différences significatives de rendement et de qualité ; de même, une même variété cultivée dans des régions différentes, ou dans une même région sur des substrats différents, présente également des différences substantielles de rendement et de qualité. Il est donc crucial de sélectionner des variétés de shiitake adaptées aux conditions climatiques et aux ressources locales pour leur culture.

Les critères de qualité des variétés de champignons shiitake sont les suivants :

1. Caractéristiques de la souche mère : Le mycélium est d’un blanc pur, cotonneux et robuste. Il se développe de façon prostrée et radiale, avec une dominance apicale marquée. Le mycélium aérien est peu abondant et court, et possède l’arôme caractéristique du shiitake. Les souches de haute qualité recouvrent la gélose inclinée en 8 à 10 jours à une température de 23 à 25 °C et sécrètent un liquide ressemblant à de la sauce soja en fin de croissance. Avec l’âge, la souche sécrète un pigment légèrement jaunâtre, colorant le milieu de culture en jaune pâle. Les souches qui recouvrent complètement la gélose inclinée ne forment généralement pas de primordia ; si des primordia apparaissent, cela indique une variété précoce.

2. Caractéristiques du mycélium primaire et du mycélium cultivé : Le mycélium du shiitake est blanc, robuste et uniforme, ressemblant à un duvet. Il ne forme pas facilement un épais revêtement mycélien. Il se développe vigoureusement sur la paroi du flacon en formant un motif en éventail, sécrétant des gouttelettes couleur sauce soja et dégageant un arôme riche. Cultivés à 22–25 °C, les flacons de mycélium primaire atteignent généralement la taille maximale de la colonie en 30 jours, tandis que ceux de mycélium cultivé l’atteignent généralement en 40 jours.